La nomenclature des salmonelles distingue deux espèces : Salmonella bongori et Salmonella enterica. L'espèce principale, Salmonella enterica, est divisée en six sous-espèces : I (S. enterica subsp. enterica), II (S. enterica subsp. salamae), IIIa (S. enterica subsp. arizonae), IIIb (S.enterica subsp. diarizonae), IV (S. enterica subsp. houtenae) et VI (S. enterica subsp. indica). Plusieurs sérovars peuvent être identifiés au sein de chaque sous-espèce. Ils sont caractérisés par leurs antigènes somatiques ("O"), flagellaires ("H") et capsulaires ("Vi") qui, ensemble, définissent la formule antigénique d'un sérovar donné (sérotype ou ser).