Certaines bactéries utilisent le glucose en produisant un acide stable comme l'acide lactique, l'acide acétique ou l'acide formique comme produit final, ce qui entraîne un pH faible et un changement de couleur du rouge de méthyle, qui passe du jaune au rouge (MR positif).
Bien que toutes les Enterobacteriaceae fermentent le glucose, les organismes MR négatifs utilisent une voie métabolique différente qui entraîne une réaction alcaline ou moins acide (pas de couleur rouge) en raison de la production d'acétyl-méthyl-carbinol (acétoïne), un produit final à réaction neutre.